Suas atividades principais são desenvolvidas no no Edifício da Engenharia Ambiental na área 2 do Campus da USP em São Carlos, contando com 5 laboratórios de pesquisa, além de toda a infraestrutura para desenvolvimento de projetos dentro das linhas de pesquisa do Programa: Biotecnologia Ambiental, Ecologia Industrial, Ecotoxicologia, Instrumentos de Política Ambiental, Limnologia e Planejamento e Gerenciamento de Recursos Hídricos.

O curso procura evidenciar, identificar, discutir e propor soluções em relação aos problemas ambientais decorrentes da atuação do Homem em seu meio, bem como analisar ecossistemas, a fim de caracterizá-los e descrevê-los, criando fontes de informações sobre os vários aspectos bióticos, abióticos e antrópicos de algumas regiões do Brasil.

A atual e constante preocupação na busca de caminhos adequados para atingir o bem-estar social por meio de planos de desenvolvimento sustentável demonstra a necessidade obrigatória de nova visão em relação ao meio ambiente. Assim, os tópicos abordados no PPG-SEA, por meio das várias disciplinas ministradas e dos trabalhos experimentais realizados proporcionam uma visão integrada das diversas áreas do conhecimento, necessária à interdisciplinaridade inerente às ciências ambientais. A multidisciplinaridade do PPG-SEA é consequência de seu corpo docente e pesquisadores procedentes de diferentes departamentos de universidades estaduais e federais, bem como de institutos de pesquisa.